《理性时代》分两个部分，第一部分主要涉及耶稣和他的历史、基督神学和真正的神学、《圣经》的属性、论基督教义对教育的影响以及改革建议、基督教义和自然神论的宗教教义之比较等；第二部分通过《旧约》与《新约》对《圣经》提出了了文本上的质疑。潘恩所提出的理性恐慌是人类社会稀缺的资源，无论过去、今天还是未来都需要人们警醒。正如潘恩在书中所言：“理性是解决所有问题最有效的武器。我从来也绝不会尝试使用其他方法。”
潘恩在书中基于“自然神论”的观点，揭露了形形色色宗教的所谓“天启”的无稽。他认为“世界本身就是天启，宇宙万物就是神谕”，神作为非人格的始因而存在，并不能主宰自然和社会生活。潘恩揭穿了宗教欺骗人类的致命手段：神秘、奇迹、预示，并指出一切宗教的理性都是在人类抛弃了理性的作用才产生的。
